1、概念不同：普通发票是针对一般商品购销和服务交易的付款凭证，不涉及增值税征收和抵扣，适用于所有纳税人。增值税发票主要用于征收增值税，涉及增值税的开具和收取，适用于增值税一般纳税人。
2、税率和主体不同：普通发票的税率根据具体商品或服务而定，可以适用于各种税率情况。增值税发票根据不同计税方法和税率（如0%、13%、17%等）开具，主要供增值税一般纳税人使用，小规模纳税人只能使用普通发票。
3、账务处理不同：一般纳税人收到增值税专用发票后，将价款部分记入成本，税款部分记入“应交税金——应交增值税——进项税额”账户。小规模纳税人一般将全额开票金额列入成本，不区分价款和税款，没有进项税额抵扣环节。
